Milea Timbergen

339 verschillende CTNNB1 (β-catenine) mutaties die voorkomen in desmoïd tumoren. Voor deze studie werd er gebruik gemaakt van mRNA expressie data van 128 desmoïd patiënten uit een openbare Affymetrix dataset. Aanvullend werd er gekeken naar de expressie van AXIN2 , CCND1 en DKK1 in 64 andere DTF-patiënten met real-time polymerase chain reaction (RT-PCR). Uit deze studie blijkt dat er geen verschil is in de expressie van de Wnt- gerelateerde genen AXIN2, CCND1 en DKK1 tussen β-catenine mutanten. Tevens bleek uit clusteranalyse, op basis van expressieprofielen van genen die het product zijn van de Wnt/β-catenine signaaltransductie cascade, dat de verschillende mutanten niet van elkaar konden worden onderscheiden. Hoofdstuk 4 onderzoekt DNA methylatie profielen van S45F en T41A mutaties in DTF. MeD-seq analyse werd uitgevoerd op 29 primaire DTF tumoren waarvan 14 een T41A mutatie en 15 een S45F mutatie hadden. In totaal werden 365 regio’s geïdentificeerd als “anders gemethyleerde regio’s” (in het Engels: differentially methylated regions (DMR’s)) echter hadden slechts zes DMR’s hadden een fold-change van ≥1.5. Een cluster analyse liet zien dat er geen duidelijk te onderscheiden methylatiepatronen per mutatie groep zijn. Ook in een onafhankelijke mRNA expressie dataset konden er geen duidelijke expressie verschillen gevonden worden tussen mutanten waarbij er specifiek gekeken is naar de genen die aan de DMR’s gerelateerd zijn. Immunoprecipitatie liet geen associatie zien tussen wild- type β-catenine of gemuteerde β-catenin varianten en DNMT1. Deel II – Diagnose en Behandeling Hoofdstuk 5 beschrijft het gebruik van een nieuwe technologie; radiomics welke grote hoeveelheden beeldeigenschappen relateert aan klinische uitkomsten. In dit hoofdstuk werd radiomics ingezet om te kijken of het diagnosticeren van DTF versimpeld kon worden door het creëren van een radiomics model. Met dit model wordt er gekeken of DTF in de extremiteiten onderscheiden kan worden van andere wekedelen sarcomen in de extremiteiten op T1-gewogen magnetic resonance imaging (MRI) beelden welke vóór de start van de behandeling vervaardigd werden. Verder werd er een voorspel model gemaakt om te voorspellen welke CTNNB1 mutatie een desmoïd tumor bezit. In totaal werden 203 patiënten geïncludeerd; 72 patiënten hadden een desmoïd tumor, 131 patiënten hadden een wekedelen sarcoom. Tumoren werden semiautomatisch geannoteerd op T1-gewogen MRI- beelden. In totaal werden hier 424 beeld karakteristieken uit onttrokken. Het T1-gewogen radiomics model had een gemiddeld gebied onder de curve (in het Engels Area Under the 13