174 Closing pages Het veelvoorkomende AmpC-resistentiegen, blaCMY-2, wordt vaak geassocieerd met specifieke plasmidenfamilies, zoals IncA/C, IncB/O/K en IncI. In Hoofdstuk 6 ligt de focus op het onderzoeken van de relatie tussen blaCMY2-bevattende IncI1-pST12-plasmiden in epidemiologisch gerelateerde en nietgerelateerde Enterobacteriaceae-isolaten van zowel mensen als dieren. Het doel was om de haalbaarheid te beoordelen van het nauwkeurig onderscheiden van verwante en niet-verwante monsters op basis van plasmide-sequentiedata. Door deze relatie te onderzoeken, kunnen waardevolle inzichten worden verkregen in de potentiële transmissiedynamiek en verwantschap van antimicrobiële resistentiestammen. Hoewel het onderzoek is uitgevoerd in een beperkte omvang, tonen de bevindingen duidelijk de gelijkenis van plasmidesequenties aan, zoals aangegeven door het lage aantal enkelvoudige nucleotidepolymorfismen (SNP’s) en het hoge aantal gedeelde genen. Bovendien overlapten de reeksen SNP’s tussen plasmiden met verschillende epidemiologische achtergronden, wat suggereert dat het uitsluitend op plasmidesequentie gebaseerd onderscheid maken tussen epidemiologisch gerelateerde en niet-verwante plasmiden onwaarschijnlijk is. Eerdere studies hebben de geconserveerde sequenties van IncI1-pST12-plasmiden aangetoond; echter, deze studies maakten gebruik van analyse gebaseerd op genen aanwezigheid/afwezigheid of SNP-analyse, waarbij mogelijk subtiele verschillen tussen verschillende plasmiden werden gemist (Roer et al. 2019; Shirakawa et al. 2020; Castellanos et al. 2019). De huidige analyse, die long-read en short-read sequentiedata combineert voor een uitgebreide plasmideanalyse, inclusief de identificatie van herordeningen, toont de toegevoegde waarde van deze benadering aan. Desalniettemin zijn er verdere studies met grotere steekproefomvang nodig om deze resultaten te valideren. Zoals besproken in de inleiding van de scriptie, zijn plasmide-gecodeerde ampCgenen niet het enige mechanisme van AmpC-resistentie in E. coli. Een ander mechanisme omvat het optreden van mutaties in het promotorgebied van het ampC-beta-lactamasgen, wat leidt tot hyperproductie van de chromosoom-gecodeerde beta-lactamase. Deze promotormutaties zijn geassocieerd met verschillende mate van resistentie tegen betalactam-antibiotica (Tracz et al. 2007). Hoewel eerdere onderzoeken zich voornamelijk hebben gericht op het chromosomale AmpC-resistentiemechanisme en de invloed ervan op AmpC-hyperproductie, is er met over de evolutionaire oorsprong van deze promotoraanpassingen nog beperkte kennis. Hoofdstuk 7 heeft tot doel onderzoek te doen naar de homoplasie en associatie van het ampC-promotor/verzwakkingsgebied in E. coli met cefotaxim resistentie. Het onderzoek omvat een genoomwijde analyse in combinatie met methoden om
RkJQdWJsaXNoZXIy MTk4NDMw