182 CHAPTER 7 OPTIMAAL BEHOUD VAN MOLECULAIRE PROFIELEN IN TUMORWEEFSEL SAMPLES Met de opkomst van nieuwe technieken om grootschalige moleculaire analyses op tumorweefsel mogelijk te maken, komen ook nieuwe uitdagingen op ons af. Wanneer op grote schaal verschillende lagen van de celbiologie parallel onderzocht worden, bijvoorbeeld genomics (DNA), transcriptomics (RNA), proteomics (eiwitten), noemen we dit “multi-omics”. Er moeten voor een dergelijke gecombineerde analyse meerdere technieken worden toegepast op hetzelfde stukje weefsel. Veelal wordt gebruik gemaakt van naaldbiopten van tumorweefsel, die verkregen worden via echo- of CT-geleide punctie. Een aantal van de moleculaire kenmerken van kankercellen kunnen veranderen of verloren gaan na afname van het biopt door de plotselinge hypoxie in het gebiopteerde weefsel. Vooral fosforylatie is hier gevoelig voor. Om deze veranderingen in de moleculaire samenstelling van de cellen te minimaliseren, wordt een biopt na afname zo snel mogelijk ingevroren en opgeslagen bij een temperatuur van -80 °C. Dit supersnel invriezen noemen we snap-freezing, en in de praktijk gebeurt dit vrijwel altijd door onderdompeling in vloeibaar stikstof, dat een temperatuur heeft van -196 °C. Het gebruik van vloeibaar stikstof heeft echter een aantal belangrijke nadelen met betrekking tot gebruiksgemak en milieuvriendelijkheid. Om deze reden is een nieuwe snap freezer ontwikkeld die geen gebruik maakt van vloeibaar stikstof, om biopten zo gestandaardiseerd en eenvoudig mogelijk in te kunnen vriezen en daarmee de moleculaire profielen in tumorweefsel zo goed mogelijk te behouden voor het verrichten van (multi)omics analyse. In hoofdstuk 5 vergeleken wij de prestaties van deze nieuwe snap freezer met betrekking tot het behoud van moleculaire profielen (phosphoproteomics en transcriptomics) met samples die in vloeibaar stikstof verwerkt zijn. Hiervoor gebruikten wij de kanker cellijn K562 en tevens naaldbiopten van normaal leverweefsel van verschillende patiënten die als onderdeel van een reguliere behandeling een resectie van een deel van de lever ondergingen. We hebben cellijn samples en leverweefsel ingevroren met gebruik van vloeibaar stikstof en met de snap freezer. Vervolgens vergeleken we de moleculaire profielen van deze samples en beschreven we de mate van overlap, waarbij de hypothese was dat de samples verwerkt met de snap freezer even goed geconserveerd bleven als de samples in vloeibaar stikstof. We verwachtten dus een grote mate van overlap in profielen te vinden bij vergelijkende analyse. Uit de vergelijking met cellijn samples bleek dat de RNA integriteit, RNA profielen en gefosforyleerde eiwitprofielen zeer sterk overeen kwamen, en dat de samples die met de verschillende vriesmethoden verwerkt waren niet van elkaar te onderscheiden waren. Het controle-sample, dat 2 uur op kamertemperatuur bewaard werd alvorens het ingevroren werd, toonde wel duidelijke verschillen ten opzichte van de andere samples. De vergelijkende analyse van de leverweefsel samples toonde aan dat middels beide snap freezing methoden de moleculaire profielen van individuele patiënten van elkaar onderscheiden konden worden. Deze resultaten bevestigen dat de nieuwe snap freezer net zo goed als vloeibaar stikstof in staat is om hoge kwaliteit biologische samples te conserveren en geeft de mogelijkheid om verschillende patiënt-specifieke moleculaire profielen van elkaar te onderscheiden. Dit laatste is in de klinische praktijk van de precisie-oncologie zeer relevant, omdat beslissingen omtrent welke behandeling geschikt is
RkJQdWJsaXNoZXIy MTk4NDMw