21 Resumen grupo “Fsr II” perteneciente al genoma ANME-2 011 identificada, podría contribuir a la detoxificación del sulfito. En el Capítulo 3, monitoreamos durante más de un año dos microbiomas de sedimentos costeros anóxicos bajo distintas concentraciones de metano, nitrógeno (nitrato y amonio) e sulfuro de hidrógeno. Para esta investigación, definimos a los Gammaproteobacteria como el grupo más dominante y variable. Los procesos de reducción de nitrógeno difirieron entre los dos sistemas: el biorreactor oligotrófico estimuló la reducción disimilatoria de nitrato a amonio (“DNRA”), mientras que la desnitrificación dominó en el biorreactor eutrófico. Los metanótrofos en los sistemas oligotróficos (incluido el crecimiento en biopelículas) consistieron en un género diverso pero poco descrito de Methylomonadaceae, Methylovulum, y el subgrupo KS41, que competían por nitrato con el principal contribuidor a la “DNRA”, “Ca. Methanoperedens BLZ2”. Además, el sistema oligotrófico seleccionó nuevos genomas clasificados como Pseudomonadales IMCC2047 y Rugosibacter con monooxigenasas de membrana divergentes (“CuMMOs”) con potencial para degradación de alcanos de cadena corta. Los sistemas eutróficos seleccionaron especies mejor descritas de Methylomonadaceae, como Methylomonas y Methylobacter. Esta investigación destacó la versatilidad metabólica de los metanótrofos microaerófilos de la familia Methylomonadaceae para contrarrestar el sulfuro de hidrógeno, la limitación de oxígeno y con potencial para la desnitrificación. En el Capítulo 4, se investigó la flexibilidad de un cocultivo anóxico estable de desnitrificadores oxidantes de sulfuro de hidrógeno, anammox y socios de la oxidación anaerobia del metano acoplada a la reducción del nitrato/nitrito (“NDAMO”) para enfrentarse a la privación de nitrógeno, y el estrés por sulfuro de hidrógeno y óxido nítrico, simulando cambios dinámicos que ocurren en sedimentos costeros salobres como se describió en el Capítulo 3. La eliminación de amonio resultó en la desaparición de “Ca. Nitrobium versatile” y bacterias anammox del cocultivo inicial. La actividad “DNRA”, promovida principalmente por “Ca. Methanoperedens”, no pudo sostener la actividad anammox. Tras la reintroducción de amonio, “Ca. Methylomirabilis lanthanidiphila” fue reemplazada por “Ca. Methylomirabilis tolerans” y anammox “Ca. Scalindua rubra” por “Ca. Kuenenia stuttgartienses”. Los factores de estrés por sulfuro de hidrógeno y óxido
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